肛门长了一个肉疙瘩，疼可以通过手术治疗、药物治疗等方式进行治疗，具体分析如下：
如果肛门部位的肉疙瘩呈紫黑色，质地略硬，肛门疼痛主要表现为肿胀和疼痛，需要考虑是血栓性外痔，可以暂时使用硝矾洗剂+痔痛宁袋泡洗剂，同时外敷紫草膏，具有消肿止痛、活血化瘀等作用。如果不能有效的话，可以选择做血栓外痔剥离手术。如果肛门处出现肉疙瘩疼痛、体温上升、血常规检查提示炎症细胞增高，可能是肛周脓肿。