目前可用于治疗过敏性结膜炎的眼药水有多种，如依美斯汀、吡嘧司特钾甲、色甘酸钠等。眼药水的主要作用是稳定肥大细胞和产生抗组织胺。依美斯丁的作用机制是产生抗组织胺过量；色甘酸钠的作用是稳定肥大细胞。抗组胺产生的速度很快，但也会很快失去作用。眼药水可以稳定肥大细胞，但效果会更持久。
奥洛他定滴眼液是一种双效的眼药水，它具有抗组织胺和稳定肥大细胞的双重作用。另外，还可以使用一些抗过敏的药物，如氟米龙、典必殊滴眼液等。