一般情况下，阴茎根部长小肉疙瘩可能是以下原因导致的：
阴茎根部长小肉疙瘩，如果只是一个，可能是皮脂腺囊肿或者是皮肤肉赘造成的。这种情况下不会对患者的生育健康产生什么伤害。如果出现小肉疙瘩增加，或是呈肉柱状，或是呈鸡冠样，考虑是尖锐湿疣所引起的，需要到医院完善相关检查，确诊后可以通过激光的方式来进行治疗。