许多具有致病力的真菌会侵犯皮肤、在毛发、指（趾）甲等浅层组织，造成浅层的真菌感染，还会侵犯到人体的组织、器官，造成深层的真菌感染。首先，要对感染的真菌进行初步的诊断，并结合病灶和医疗检查，应用真对性的抗菌药物。浅部真菌感染可以使用药膏或霜剂来治疗，效果好，副作用少，可以使用两性霉素b、制霉菌素、酮康唑、克霉唑等。深部真菌感染主要是全身用药，可以口服三唑类药物如氟康唑、伊曲康唑、咪康唑、酮康唑、棘白菌素等。