扁平疣变成褐色可能是由扁平疣的病变、人体的免疫炎症反应等原因引起。
1、扁平疣的病变：扁平疣变成褐色可能是由扁平疣的病变引起的，扁平疣的病变会影响局部皮肤黑色素细胞的功能，导致黑色素生成增多，使扁平疣变成褐色。
2、人体的免疫炎症反应：扁平疣变成褐色可能是由人体的免疫炎症反应引起的，人体的免疫炎症反应刺激局部黑色素细胞，生成较多的黑色素，会导致扁平疣颜色加深，变成褐色。