一般情况下，肛门有肉疙瘩、疼痛可能是血栓性外痔、肛瘘等因素造成的，具体内容如下：
1.血栓性外痔：如果患者患有血栓性外痔，在局部感染的症状加重时，患者可能会出现水肿、疼痛等不适症状，因此，肛门有肉疙瘩、疼痛可能是血栓性外痔造成的。
2.肛瘘：如果患者患有肛瘘，可能会在外瘘口出现疼痛的症状，并且患者的肛门周围通常会有流脓、肿痛等不适症状，因此，肛门有肉疙瘩、疼痛可能是肛瘘造成的。