一般情况下，指甲盖凹凸不平有小坑可能是真菌感染、营养不良等原因导致的。
1.真菌感染：创伤后可能会导致指甲被真菌感染，造成甲癣，此时可能会出现指甲异常生长的情况，导致指甲盖凹凸不平有小坑。
2.营养不良：如果缺乏营养，可能会导致甲营养不良，造成指甲生长比较慢，导致指甲盖凹凸不平有小坑，平时要适当补充营养，多休息。