眼睛周围扁平疣可以通过药物治疗或者手术治疗。建议去正规医院的皮肤科进行治疗，医生会根据疣体的大小和生长速度选择不同的治疗方案。
疣体较小者，可在医生指导下适宜抗病毒类药物外涂，以祛疣体，也可以口服免疫制剂，如转移因子、胸腺肽、香菇菌多糖等。在短期内生长速度比较快或者疣体较大的患者，可以在医生建议下采取激光疗法，术后要保持皮肤清洁干燥，使用消炎药物，避免感染留下疤痕。