一般情况下，大拇指甲盖凹陷是系统性疾病、银屑病等原因导致的。具体情况分析如下：
大拇指甲盖凹陷的原因有很多，有些是系统性疾病导致的，比如严重的贫血、呼吸系统、心血管系统等，通常会导致指甲甲母质部位供血、供氧障碍，从而抑制甲母质细胞的功能，导致甲母质细胞功能受到抑制，形成凹陷，甚至出现倒甲，形成匙状的倒甲，这就是匙状的甲壳。还有一些是指甲周围的皮肤病，比如银屑病，会影响甲母质的功能，指甲上会出现很多点状的凹陷，称为顶针甲。甲板凹陷是甲真菌病和甲癣的病变。