巧克力囊肿5cm需要进行手术治疗。卵巢巧克力囊肿是卵巢囊肿的一种，如果卵巢囊肿它的直径小于5cm，可以考虑吃药，在一定程度上可以抑制囊肿的生长，甚至可以使囊肿缩小，达到治疗的效果。一旦巧克力囊肿破裂就会造成很多的风险，甚至还可能会造成感染的现象，还会剥夺以后生育的机会，所以最好通过手术治疗。如果大于5cm，这个是要必须进行手术的.