一般情况下，新生儿窒息后遗症有轻度嗜睡、肌张力减退、严重患儿可有癫痫性发作、智力损害等。
首先，脑细胞是最敏感的，其次是心肌、肝和肾，对中枢系统而言，缺氧缺血性脑病和颅内出血是最常见的新生儿窒息的并发症，严重的时候甚至可以引起脑瘫，医生根据新生儿的窒息程度，进行必要的检查，比如头颅CT、头颅磁共振等，断新生儿因窒息引起的并发症和后遗症的严重程度。