一般来说，小儿原发性纤毛运动障碍通常是由以下原因引起的：
一、基因突变：小儿原发性纤毛运动障碍的致病基因众多，临床表现多样，只要涉及纤毛组装、结构或功能蛋白的任何基因突变都可能会导致小儿原发性纤毛运动障碍。此外，女性生殖道、男性精子等因素，也可能会导致小儿原发性纤毛运动障碍。
二、诱发因素：长期接触有毒化学物质、放射性物质等，也可能会诱发小儿原发性纤毛运动障碍。