一般来说，小儿蓝尿布综合征通常是遗传、近亲结婚等因素引起的。
小儿蓝尿布综合征的病因为遗传物质异常引发的色氨酸代谢异常及吸收障碍。通常是家族遗传史、近亲结婚等因素导致的。小儿蓝尿布综合征为先天性代谢异常性疾病，为常染色体隐性遗传，也可能是性连锁遗传。其病因是患者体内色氨酸代谢异常。如果出现小儿蓝尿布综合征，应该及时前往医院进行治疗，以免耽误病情。