一般情况下，小儿原发性脑干损伤可能是外伤、颈椎病变等原因引起的。
1、外伤：由坠落伤或较重的挤压、撞击伤所致，头部的钝性暴力可导致脑干直接撞击天幕游离缘，引起脑干挫伤、牵拉和扭转。
2、颈椎病变：小儿原发性脑干损伤可能是颈椎过伸或过屈导致下脑干或上颈髓的部分或完全撕裂伤导致的。
这个疾病多数情况下是不需要手术治疗的，维持生命体征的平稳，内环境的稳定，减轻脑细胞的水肿，可以使用强力的脱水药物来进行治疗。