一般情况下，小儿不对称身材矮小性发育异常综合征目前无特效治疗手段，主要针对出现的症状进行处理。
小儿不对称身材矮小性发育异常综合征如身高落后可使用生长激素进行干预，部分病例治疗可能有效，当肢体有明显不对称时，可行手术矫正重建肢体的形态与功能，通常不会产生严重的手术并发症，可根据具体情况行外科手术治疗，如室间隔缺损封堵术可填补患者室间隔的缺损，恢复器官的正常功能。