一般情况下，小儿慢性淋巴细胞性甲状腺炎的治疗方法有药物治疗、手术治疗等。
1.药物治疗：小儿慢性淋巴细胞性甲状腺炎如发生甲低者两次测血TSH增高则必须投用甲状腺粉治疗，仍从少量开始，对3岁以上小儿药量不需增加太快，如果开始足量治疗往往造成甲亢，亦不应擅自停药，应根据复查甲状腺功能情况进行调整。
2.手术治疗：小儿慢性淋巴细胞性甲状腺炎可以采用甲状腺叶切除术、甲状腺次全切除术及甲状腺全切除术进行治疗。