一般情况下，小儿肺动脉高压的高发人群是有先天性心脏病的人、孕母有宫内感染的人、有唐氏综合征的人。
一般有先天性心脏病的小儿一般存在左心室向右心室分流或者又现实的血液难以射入左心房，造成过多的血液在肺动脉中淤积，引起小儿肺动脉高压。如果母孕早期病毒感染如风疹、巨细胞病毒、疱疹病毒、流行性感冒、流行性腮腺炎和柯萨奇病毒等，容易引起小儿肺动脉高压，有唐氏综合征的人一般合并先天性肺动脉畸形，患有小儿肺动脉高压的几率较大。