一般来说，三个月大的宝宝睡觉摇头有以下几方面原因：
1、皮肤瘙痒：如果伴发有湿疹、痱子等，从而引起三个月大的宝宝睡觉摇头的症状，建议家长及时带孩子去医院治疗。
2、缺乏钙：缺钙可能会影响到正常的肌肉或神经功能，从而出现该症状，此时建议家长在医生的指导下选择碳酸钙颗粒、小儿碳酸钙D3颗粒等药物给孩子吃。