儿童反复高烧39度已经5天了可能是以下几种情况：
第一，如果儿童细菌或者病毒感染引起脓毒血症，病情病情较重，可能会导致反复高烧39度已经5天了的情况。
第二，儿童反复高烧39度已经5天了可能是严重的肺炎胸膜炎引起的。
第三，儿童反复高烧39度已经5天了还可能是EB毒感染引起的传染性单核细胞增多症。
第四，病毒性脑膜脑炎、细菌性脑膜脑炎等疾病可能会造成中枢神经系统感染，从而导致儿童反复高烧39度已经5天了。