CT产生的X辐射可能会抑制、损坏乃至杀死人体细胞，儿童做脑部CT还是会有些轻微的不良影响，对于身体各个系统细胞增殖均处于旺盛期的婴幼儿来说，这种辐射会带来病理、生理、生化等方面的不良影响。
年岁越小的儿童对于X线越加敏感，辐射所带来的伤害越大，但是这种伤害是微小的、可控的，与所患疾病相比，在病情需要的情况下，儿童也可以通过医生指导开展脑部ct检查。
当前的医疗设备较先进，医生会在操作时把辐射控制在安全区间内，不会产生特别明显的影响。