一般情况下，5周岁男孩身高100公分是属于矮小症的范畴。
因为正常此年龄段男孩的平均身高大约在111公分左右，矮小症儿童的身高低于同性别、同年龄、同种族平均身高两个标准差，每年生长速度低于五公分。在这种情况下，就要给孩子及时的查找身材矮小的原因，常见的原因如遗传原因、营养不良、营养过剩、性早熟、生长激素分泌不足等，需要明确病因后对症治疗。