宝宝扁桃体发炎咳嗽可以通过以下方法进行治疗：第一、如果单纯只是扁桃体发炎，刺激所引起的咳嗽，可以使用抗病毒药物治疗，如四季抗病毒合剂、小儿咽扁颗粒等。第二、如果在扁桃体发炎的同时，咳嗽有痰，甚至伴有喘息，可以应用抗生素治疗，如头孢克肟颗粒、氨溴索口服液等药物进行治疗。第三、要注意控制饮食规律，多吃新鲜的蔬菜水果，少吃辛辣刺激的食物。