通常情况下，小儿选择性免疫球蛋白A缺乏症可能是遗传、药物等原因引起的。
1.遗传：有家族史的人群好发本病。小儿选择性免疫球蛋白A缺乏症可为常染色体隐性遗传,或者是常染色体显性遗传导致的，如有亲属患有小儿选择性免疫球蛋白A缺乏症，下一代的发病率可上升。
2.药物：如普鲁卡因胺、苯妥英钠等药物，可能导致选择性免疫球蛋白A水平降低，导致患病。