通常情况下，小儿不对称身材-矮小-性发育异常综合征的原因尚未完全阐明。具体分析如下：
小儿不对称身材-矮小-性发育异常综合征是先天性疾病，除半身肥大和多种先天的异常外，部分患者还可出现肾功能异常等表现，本病的病因目前尚未十分明确，有研究认为本病的发生可能与受精卵发育异常、间脑-垂体区发育异常及子宫内因素有关。