小儿锁骨颅骨发育不全综合征的治疗方法有手术治疗、药物治疗等，具体分析如下：
小儿锁骨颅骨发育不全综合征可遵医嘱使用奥拉西坦、吡拉西坦、维生素D、甲钴胺等药物进行辅助治疗。主要是需要通过锁骨残端切除术、股骨粗隆下斜行截骨术、三维矫形技术和椎弓根螺钉固定技术等手术进行治疗。
此外还可通过神经心理学疗法、生物力学疗法等方式缓解病情，以促进疾病恢复。