不同的年龄阶段，小儿磷酸酶过少症会有不同的症状表现。
1.新生儿型：可能会出现颅骨软化、肢体短粗、弯曲畸形、骨折，以及巩膜、惊厥、青紫等症状
2.婴儿型：一般表现为体重不增、生长缓慢及头围增长亦缓慢、颅骨软化、颅缝增宽、囟门突出、头皮静脉怒张、皮肤色素沉着等。
3.儿童型：主要表现为走路较晚、步态不稳、肢体疼痛、弯曲畸形、牙齿发育不良等。
4.青少年型：症状大致与儿童型相似，但临床症状较轻。