三个月宝宝肠炎可以通过使用药物、日常护理等方式进行治疗，具体内容如下：
如果出现了侵入性细菌感染导致的肠道炎症，症状轻的可以服用头孢克肟、阿莫西林等药物；如果是是由病毒导致的肠道炎症，建议对症治疗；在哺乳后30分钟内口服布拉氏酵母、双歧等益生菌；采用低渗口服补液盐，防止出现严重的脱水；注意保持肛周的清洁，避免出现继发性的感染。