通常情况下，三个月宝宝咳嗽、咳嗽有痰可以通过物理方法、药物来治疗。具体分析如下：
1.物理方法：如果三个月宝宝咳嗽，喉咙有痰，需要勤测体温，当出现发烧的情况，可进行物理降温，如贴降温贴、温水擦浴或者洗温水澡等等。
2.药物：如果三个月宝宝咳嗽有痰，可以使用药物来治疗，比如利巴韦林颗粒、磷酸奥司他韦颗粒、头孢克肟颗粒、阿莫西林颗粒等。