通常情况下，脑发育不良可以进行健脑补肾治疗，一般可以可以给儿童使用安神补脑液、补肾地黄丸，都可以良好的帮助大脑发育。其次还可以给儿童使用优甲乐来治疗，因为脑发育不良可能是甲状腺分泌不足导致的。
另外，还可以艾灸儿童的足三里穴、肾腧穴；艾灸足三里穴一般可以起到健脾作用，而艾灸肾腧穴，一般可以起到补肾的作用，当脾肾功能充足后，脑发育不良的情况可以得到明显的改善。