通常情况下，儿童脑炎好了头疼可能是脑炎的后遗症。具体情况分析如下：
脑炎是大脑实质的急性炎症，一般会出现发热、恶心、呕吐、意识模糊、头疼等症状，如果儿童之前的病情较为严重，或者未及时进行治疗，可能会出现儿童脑炎好了头疼的情况，家长可以按照医嘱给儿童使用安宫牛黄丸、清热醒脑灵丸、安脑丸等药物进行治疗。家长还可以按摩儿童的头部，缓解儿童的头疼。