一般情况下，小儿原发性脑干损伤要做的检查有：颅脑CT和MRI检查、脑干听觉诱发电位检查和X线检查等。具体内容如下：
1.颅脑CT和MRI检查：小儿原发性脑干损伤要做颅脑CT和MRI检查，可以检查出脑干部位的挫伤及肿胀变化。
2.脑干听觉诱发电位检查：小儿原发性脑干损伤要做脑干听觉诱发电位检查，通过波形的波幅和潜伏期可以较准确地反映脑干损伤的平面及程度。
3.X线检查：小儿原发性脑干损伤要做X线检查，以便明确后颅窝骨折、高位颈椎骨折的情况，有助于脑干损伤的诊断。