一般情况下，小儿播散性脂肪肉芽肿综合征可能是基因突变、物理因素等原因引起的。
1.基因突变：ASAH1基因可作为指示合成的酸性神经酰胺酶，该酶存在于被称作溶酶体的细胞腔，用以消化和吸收。它们是由一种叫做髓磷脂的油脂组成，可以隔绝和保护神经细胞。ASAH1的变异可使酸性神经酰胺酶显著下降，一般低于10%，从而使其无法正确地降解神经酰胺，从而在不同的细胞内产生大量的溶酶体，包括肺、肝脏、结肠、肌肉、软骨、骨头。
2.物理因素：妊娠女性在孕期长期暴露于烟雾、酒精、药物、辐射、农药、噪音、挥发性有害气体、有毒的重金属等危险的环境中，会诱发基因变异，从而引起小儿的播散性脂肪肉芽肿综合症。