一般情况下，小儿巨脑畸形综合征可能是遗传、孕妇机体受损等原因引起的，具体内容如下：
1.遗传：若患者存在染色体显性遗传的先天性生长过度的情况，通常就可以检测出NSD1基因的异常，出现NSD1基因缺失或基因突变，是引起小儿巨脑畸形综合征的原因之一
2.孕妇机体受损：若母亲在怀孕期间，受到放射线、农药、酒精、化学物质等有害因素的刺激，导致机体受损，也可能引起小儿巨脑畸形综合征。