一般情况下，新生儿衣原体感染的治疗方法有，使用药物、日常护理等。具体内容如下：
1.使用药物：家长应及时带新生儿前往正规医院就医，在医生指导下使用红霉素软膏、阿奇霉素片、利福平滴眼液等药物进行治疗。
2.日常护理：家长还应注意新生儿的日常护理，保证新生儿的清洁卫生，还应给新生儿准备充足的母乳或奶粉，改善生活环境，促进新生儿的身体恢复。