一般情况下，小儿原发性膀胱输尿管反流可能是膀胱输尿管瓣膜发育异常、不稳定性膀胱、遗传等原因引起的。
1.膀胱输尿管瓣膜发育异常：如果患者在胚胎发育过程中，置，输尿管开口位置外侧移位，膀胱输尿管瓣膜发育异常，就可能会导致原发性膀胱输尿管反流。
2.不稳定性膀胱：如果膀胱功能亢进，膀胱内的压力会明显升高，这容易使瓣膜功能受损，从而出现原发性膀胱输尿管反流。
3.遗传：如果患者家中有原发性膀胱输尿管反流病史，出现原发性膀胱输尿管反流得几率就会比较高。