先天性胃出口梗阻的治疗方法通常为手术治疗，同时患者还需要注意术后护理。
如果出现先天性胃出口梗阻的情况，需要采取手术的方式进行治疗，能够纠正脱水、低氯性碱中毒的情况，如切除隔膜部水肿，对于有梗阻症状的患者，则需做胃肠吻合术。若为盲端型闭锁，则应采取胃十二指肠端端或端侧吻合术，符合生理解剖，效果良好。如果患者处于新生儿期，通常可以仅行瓣膜切开幽门成形术，能够有效控制病情。