一般情况下，宝宝长期服用制霉菌素有副作用。
制霉菌素主要用于消化道念珠菌肠炎和口腔念珠菌感染，宝宝长期服用制霉菌素的副作用，常见有恶心、呕吐、腹泻等消化道症状，还可能引起过敏性皮疹，长期服用还可能导致宝宝出现低血钾、肾功能损害、肝功能损害等情况。一般不推荐5岁以下的孩子口服制霉菌素。对于有鹅口疮的患儿，使用剂量小、外用，所以可用于新生儿。