囟门闭合晚可能是生理性因素引起的，通常对孩子没有影响；如果是病理性因素引起的，容易导致孩子患上21-三体综合征、甲状腺功能低下等。
当出现囟门闭合晚的情况时，如果是生理性因素引起的，通常不会出现其他症状，也不会对身体造成太大的影响。如果是病理性因素引起的囟门闭合晚，可能会导致孩子患上21-三体综合征、脑积水、维生素D缺乏性佝偻病、甲状腺功能低下等疾病，还可能导致孩子骨骼改变和免疫力低下。