如果儿童半夜发烧39摄氏度，可以遵医嘱给其服用退热药物，还可以给其进行物理降温。
儿童神经系统发育不健全，如果儿童半夜发烧39摄氏度，这是比较严重的，可给予退热药物进行治疗，如对乙酰氨基酚、布洛芬等，但需要在医生的指导下进行。在服用相关药物后，家长需要对儿童进行物理降温，如给儿童贴退热贴，用温水把毛巾打湿，给儿童擦身子，这样有利于降温。