三个月宝宝睡觉老是摇头可能是缺钙、窒息缺氧病史等原因导致的。
1.缺钙：如果家长没有及时给三个月宝宝补充维生素D，可能会影响钙的吸收，容易导致缺钙，可能会引起神经兴奋性增高，导致睡眠不安，从而出现睡觉老是摇头的症状。
2.窒息缺氧病史：如果三个月宝宝出生的时候有窒息缺氧病，可能会影响正常的脑部功能，容易影响睡眠状态，从而出现睡觉老是摇头的症状。