太阳穴一阵一阵疼，有原发性头痛或继发性头痛两种，具体分析如下：
一、原发性头痛
1.头痛；
2.三叉自主神经性头痛，又称丛集性头痛、阵发性偏侧头痛、持续性偏侧头痛、单侧短暂性神经痛样头痛、结膜充血、流泪等；
二、继发性头痛
1.脑出血；
2.蛛网膜下腔出血；
3.颅内感染等。
患者需要在在医生的指导下进行治疗，促进身体的恢复。