一般情况下，头顶百会穴疼痛大部分是由于没有休息好或者劳累、淋雨、饮酒等诱因造成。紧张型头痛、神经痛的病人也会出现头顶百会穴胀痛不适。
人体的一些全身性疾病，比如高血压、脑血管痉挛、脑供血不足等，也会出现百会穴疼痛的情况。同时由于头部局部的一些病变，比如偏头痛、神经痛等，也会引起百会穴疼痛，需要积极治疗。