心源性脑栓塞可以通过手术治疗、功能康复、药物治疗等方式进行治疗，具体分析如下：
对心源性脑栓塞的治疗，主要是通过抗凝剂来降低血栓的生成。心源性脑栓塞的主要原因是心房颤动，当房颤出现在左心房，特别左心耳内形成血栓，栓子一旦脱落，就会进入脑动脉，造成栓塞。对此类病人，应积极应用达比加群、利伐沙班等抗凝剂，以降低血栓的发生率，并防止栓塞。还有亚急性细菌性心内膜炎的病人，其心脏中有大量的赘生物，有脱落、栓塞的危险，这种情况下，要通过外科手术修复瓣膜，并使用抗生素。