治疗肺囊肿西药主要有青霉素、头孢曲松等抗生素。中医也能起到标本兼治的效果，通常都是使用疏风润肺，清热解毒的药物。常用的药物有金银花、薄荷、连翘、甘草等，具有化痰止咳、胸痛化淤的功效。在中度和溃脓期，咳嗽多痰，痰液粘稠，可以服用清热解毒，化痰排脓等中药。在恢复期可以选择一些具有清热养阴，益气补肺等中药进行治疗。