开胸肺活检获取组织标本的指征是病原体无法确定、免疫力低下。肺部感染需要进行开胸肺活检，采集组织样本。
第一、开胸肺活检获取组织标本是在肺部感染、严重到危及生命、通过其他手段不能能确定病原体的患者身上使用。
第二、主要是针对免疫力低下的病人，比如免疫功能正常或者是肺部疾病，特别是一些慢性疾病，或者是抗生素、抗感染治疗，都不起作用的患者。