发烧嘴巴起泡可以在医生的指导下服用抗病毒药物。口腔有水泡可能是因为患有手足口病，也有可能是疱疹性咽峡炎引起的，所以要在使用之前要明确病因，然后进行针对性的治疗。要到医院进行详细的检查，并结合血常规，c反应蛋白等进行诊断，如果是疱疹性咽峡炎引起的，可以在医生的指导下服用抗病毒药物，同时还可以服用一些中药进行清热解毒等。要多喝水，多吃蔬菜和水果。