大多数情况下，炎症反应是可以控制的，去除后细菌会逐渐被吸收。然而，当炎症反应强烈时，可能会发生不受控制的炎症爆发，导致全身炎症反应综合征、急性呼吸窘迫综合征和败血症，休克等一般来说，肺炎的发生是病原体-宿主免疫-炎症反应相互作用的结果。正常肺内镜下用双腔抗污染刷取样后，发现下呼吸道的定植与上呼吸道的定植相似，但数量明显减少。