新生儿呼吸道感染可以在医生的指导下通过抗病毒和抗感染的药物进行治疗，但具体的用药要根据新生儿呼吸道感染的轻重程度来进行决定。如果新生儿在出现感染以后有发烧的症状，应该通过药物的方式降温，避免身体出现不适的症状，如果发烧的情况不是特别严重，可以通过物理降温的方式进行改善。母亲也可以口服化痰止咳的药物，这样能够通过乳汁改善宝宝出现呼吸道感染的症状。