做深蹲膝盖疼可能是半月板后角损伤、骨关节炎等疾病导致的，具体分析如下：
1.半月板后角损伤：如果存在半夜班后角损伤，患者一般关节无明显红肿，在平时走路时无明显症状，但是在膝关节过屈，也就是深蹲的时候出现疼痛较重，导致做深蹲膝盖疼。
2.骨关节炎：随着年龄的增长，膝关节会发生退行性病变，软骨有一定程度的磨损剥脱、关节面不平整等，部分患者会出现骨关节炎，通常患者在上下楼、运动后、深蹲动作时出现膝关节的疼痛、肿胀、关节积液，因此做深蹲膝盖疼可能是骨关节炎导致的。