一般情况下，蹲下去的时候膝盖疼可能是肌肉韧带损伤、关节损伤、滑膜炎或者关节炎、腘窝囊肿等因素导致的，具体情况分析如下：
1、由于肌肉韧带损伤，长期蹲位、爬山、爬楼梯等引起的韧带损伤、炎症物质积聚、乳酸堆积等，导致肌肉韧带轻微撕裂，在蹲下的时候会出现肌肉劳损；
2、可能是膝关节内部损伤，如半月板损伤，蹲下或站起时挤压半月板，导致半月板已经受伤或撕裂；
3、膝关节关节对合不平、滑膜增生、滑膜破裂等可能是由于滑膜炎或关节炎引起的，进而在蹲下去的时候膝盖疼。
4、可能有其他的腘窝囊肿情况，包括炎症的情况、积液比较多、腘窝囊肿比较大，这时蹲下起来的时候膝盖也会疼痛，需要检查清楚，对症治疗。